农业生态研究方向：本方向着重研究不同类型农业生态系统的结构、能量流动、物质循环、生物多样性的特征及其变化规律，研究农业生态系统结构与功能之间的关系，研究农业活动对环境的影响，研究高效、持续发展的农业生态系统所依存的条件和调控途径，不断完善和丰富农业生态学的理论体系。重点在于使调控的技术手段从过去的单一作物，一块农田，上升到系统整体水平。

　　生态系统分析与模型研究方向主要特色是把数学模型与计算机技术引入生态学尤其农业生态和环境生态问题中进行系统分析，以对复杂的生态系统进行定量的分析和模拟。主要涉及生态决策与评价模型，环境污染动力学模型，生物多样性及种群竞争模型，作物生产优化模拟模型与作物可持续发展的稳定性模型，运用GIS、RS、GPS技术建立决策支持系统及农业区划模型（运用3S尤其是GIS技术作区域分析）等。这些研究为农业、环境、经济可持续发展提供决策依据。

　　微生物生态学研究微生物与环境间的关系，主要包括害虫流行病及其病原微生物的生态适应性与环境调控，杀虫微生物制剂的研制及用后生态后效评价，有益微生物的发酵工程与产品开发，为微生物资源的合理利用提供理论基础和产品技术。

　　种群生态学与保护生物学种群生态学研究方向内容涉及资源、有害动物、植物种群系统的时空动态格局、调节机理、控制行为、群落结构与特征、群落物种特征与栖息地的关系，种群动态及致濒的生理生态学机理、有害动物的防治技术对策等各个方面。目前该方向在鸟类生态学、小型兽类生态学、营养生态学、种群系统复合因子理论、濒危物种保护生物学、植物种群与生理生态学、亚热带青冈常绿阔叶林生态系统的生产力和物质循环等方面形成了明显的特色。